Durant son séjour chez Microsoft, Mark Zbikowski a dirigé des projets concernant MS-DOS, OS/2, Cairo et Windows NT. En 2006, il a été récompensé pour ses 25 années de service, étant le premier employé à franchir ce cap hormis les cadres dirigeants Bill Gates et Steve Ballmer. Mark est le concepteur du format des fichiers exécutables MS-DOS, dont les initiales "MZ" ornent l’en-tête de ce format de fichier. Il est l’un des principaux architectes et développeur du NTFS de Windows, le système de gestion de fichiers le plus répandu.

Depuis son départ de Microsoft en juin 2006, Mark Zbikowski intervenait en tant que conférencier à l’université de Washington. Il est titulaire d’une licence en mathématiques appliquées à Harvard et d’un master à Yale.