Des chercheurs de l’Institut du Génie des Procédés de l’Académie Chinoise des Sciences (CAS-IPE) utilisent des simulations de dynamique moléculaire comme un "microscope de calcul" pour explorer la structure atomique du virus de la grippe H1N11. Grâce au Mole-8.5 - un supercalculateur bénéficiant de l’accélération matérielle de plus de 2.200 GPU NVIDIA Tesla -, des chercheurs sont parvenus à simuler le virus complet de la grippe H1N1, ce qui leur a permis de vérifier les connaissances théoriques et expérimentales actuelles sur le virus.

"Le supercalculateur à GPU Mole-8.5 nous permet d’effectuer des recherches scientifiques qui n’étaient tout simplement pas possibles auparavant", a déclaré le Docteur Ren Ying, professeur adjoint à CAS-IPE."Cette recherche est une étape importante dans le développement de moyens plus efficaces pour contrôler les épidémies et pour créer des médicaments anti-viraux."

L’étude des bactéries et des virus dans les expériences de laboratoire est difficile, parce que les réactions sont souvent trop rapides et délicates à saisir. Et auparavant, les simulations informatiques de ces systèmes n’étaient pas à la portée des supercalculateurs, à cause de la complexité de la simulation des milliards de particules variant selon les bonnes conditions environnementales.

Les chercheurs de la CAS-IPE sont arrivés à leurs fins en développant une application de simulation de dynamique moléculaire qui bénéficie de l’accélération GPU2. Cette application a été exécutée sur le supercalculateur à GPU Mole-8.5 composé de 288 nœuds de serveur. Le système a été capable de simuler 770 picosecondes par jour avec un pas de temps d’intégration de 1 femtosecond pour 300 millions d’atomes ou de radicaux.